口袋妖怪火红原生可正常捕捉的神兽包含急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟、超梦，通关一周目后会根据初始御三家解开对应的三圣兽，凤王、洛奇亚、代欧奇希斯需要独特船票前往隐藏岛屿才能捕获，集齐全部神兽需要按顺序完成剧情解开、秘传技能收集、迷宫寻觅和对战捕捉整套流程，合理规划路线、准备对战精灵和道具，能够大幅降低捕捉难度，避免神兽被意外击杀而无法再次获取。

前期筹备是收集神兽的基础，队伍需要掌握冲浪、怪力、碎岩等秘传技能，同时培育掌握刀背击打、催眠、电磁波的宝可梦，用来稳定控制神兽血量和异常情形，提前储备足量顶级球和时刻球，大师球提议留给捕捉难度顶尖的超梦。固定点位神兽可以按照由易到难的顺序推进，闪电鸟位于10号道路水域连通的无人发电厂深处，依靠冲浪即可抵达；急冻鸟藏身红莲岛西侧双子岛底层，需要推动岩石阻断水流打通通路，洞内冰面容易打滑，行进时留意地形陷阱；火焰鸟需要解开七之岛剧情，前往一之岛灯火山山顶，借助怪力清除沿途巨石；超梦必须完成全部七之岛主线任务，解开华蓝洞窟之后，在洞窟最底层进行对战，全部定点神兽触发战斗前务必存档，一旦失手击杀只能从头读档。

三圣兽属于关东地区全域游走神兽，机制和定点神兽存在明显不同差异，选择妙蛙种子作为初始伙伴，野外会刷新炎帝；选择小火龙对应水君；选择杰尼龟则出现雷公。搜寻游走神兽时，将49级宝可梦放置队伍首位，运用黄金喷雾可以过滤低等级野生宝可梦，持续在道路、草丛来回切换场景刷新遇敌判定，遭遇神兽后立刻运用黑色目光封锁逃跑路线，防止神兽战斗中途脱离。想要获取凤王和洛奇亚需要神奇船票前往肚脐岩，代欧奇希斯依靠极光船票抵达诞生之岛，这类隐藏岛屿的神兽仅有单次捕捉机会，缺少对应船票无法正常触发遭遇，改版之外的常规游玩途径无法无限制获取船票。

对战捕捉阶段存在不少容易被忽略的细节，优先运用刀背击打将神兽血量压制至1点，中毒、灼烧会持续造成伤害，尽量不要施加该类异常，睡眠情形捕捉收益顶尖，麻痹可以作为备选方法。战斗前30回合持续运用顶级球，超过30回合切换时刻球提高捕捉概率，不要盲目消耗大师球。捕捉完成后及时记录图鉴，确认目标成功收服再继续寻觅下一处点位。全部神兽收集完成后，可组合不同神兽组建对战阵型，利用属性克制挑战各地训练师，充分发挥传说宝可梦的战力优势。